Ich habe meine Nextcloud-Instanz ohne Docker - und werde das in absehbarer Zeit in Podman umziehen (praktisch Docker ohne den ganzen Kram der Docker nervig macht).
Die Nextcloud-Entwickler koennen keine ordentliches Datenbankmanagement - Upgrades sind nur supported wenn man die Majorreleases, und teilweise auch die Minors mitmacht. Und Upgrades gehen wirklich auch kaputt wenn man da mal was auslaesst. Ist daher am einfachsten wenn man Datenbank und Daten separat laufen laesst, und Nextcloud im Container den man bei jedem Update sofort wieder neu zieht.